Parques y reservas nacionales en la Patagonia chilena no sólo abarcan una vasta superficie terrestre, sino también una importante porción de mar con ecosistemas, biodiversidad y culturas tradicionales únicas asociada a él. Son, al menos, 6,3 millones de hectáreas de ecosistemas costero-marino que forman parte del SNASPE administrado por CONAF y que, sin embargo, no han contado con la protección necesaria para resguardarlas frente a factores que amenazan su integridad ecológica y conservación. Ello, en parte, se explica por la diversidad de instituciones públicas existentes con competencia marino costera, y la dificultad de coordinarse adecuadamente en torno al interés común de protección de esta zona.
Tras analizar la cartografía, los decretos de cada área y los dictámenes de la Contraloría Nacional de la República, investigadores del Programa Austral Patagonia evaluaron los límites de ocho Áreas Silvestres Protegidas del Estado (ASP) ubicadas en la Patagonia chilena, y estimaron que la porción marina-costera de siete de ellas suma, por lo menos, 6,3 millones de hectáreas distribuidas entre las reservas nacionales Kawésqar, Las Guaitecas y Katalalixar, y los parques nacionales Bernardo O´Higgins, Alberto de Agostini, Laguna San Rafael e Isla Magdalena. A ellas debe sumársele la porción marino-costera del Parque Nacional Cabo de Hornos, cuyos límites aparecen en su decreto oficial de creación, pero no se condicen con el mapa oficial. Respecto a esto último cabe mencionar que la oficina regional de la Corporación Nacional Forestal (CONAF) Magallanes y la Fundación Omora están trabajando para clarificar los límites y dimensiones de este parque.
Las condiciones geográficas y la diversidad de actores que convergen en la administración y supervigilancia del maritorio en nuestro país, han dificultado la gestión y protección de los 6,3 millones de hectáreas de ecosistemas costero-marino ubicados dentro de la porción marina de las áreas protegidas. A ojos de los especialistas esta situación es crítica, ya que los ecosistemas y sus especies han estado expuestos a distintos factores que amenazan su integridad ecológica y conservación. Uno de ellos es la acuicultura intensiva, en particular la salmonicultura: hay, en total, 411 concesiones de acuicultura dentro de las áreas protegida del Estado, y 134 nuevas concesiones en trámite. Solo en lo referido a parques nacionales, al interior del Parque Nacional Alberto de Agostini existen 19 concesiones de salmonicultura, 3 en el Parque Nacional Laguna San Rafael y 4 en Parque Nacional Isla Magdalena. Esto, a pesar de que la ley prohíbe explícitamente la acuicultura dentro de esta figura de conservación.
Un primer paso para avanzar hacia la conservación efectiva del maritorio de parques y reservas nacionales, es lograr la coordinación de las instituciones con competencias marino costeras para acordar estrategia conjuntas de acción, en apoyo a los esfuerzos que CONAF ha venido haciendo por administrar la zona marino-costera de las Áreas Silvestres Protegidas.
